Die erste Sonderschule für Kinder mit geistiger Behinderung wurde durch Initiative des Vereins „Lebenshilfe“ und der Stadt Tübingen im Jahre 1965 gegründet. Im März 1970 begannen die Bauarbeiten für eine Schule mit Schulkindergarten und Schwimmhalle in Tübingen Pfrondorf. Im Herbst 1971 wurde die Kirnbachschule in Pfrondorf in der Trägerschaft des Landkreises Tübingen eingeweiht und in Betrieb genommen. Aufgrund der wachsenden Schülerzahlen wurde von 2003 bis 2005 ein Erweiterungsbau errichtet, der weitere Klassenzimmer und Mehrzweckräume zur Verfügung stellte. Die umfassende Sanierung des ursprünglichen Hauptgebäudes und der Schwimmhalle durch den Landkreis wurde im Sommer 2014 begonnen und 2015 fertig gestellt. Das Gebäude des Schulkindergartens mit angeschlossener Kleinkindgruppe wird 2019 von Grund auf saniert.